Nata a Mendrisio nel 1951, Margherita Palli studia in Svizzera e in Italia. Nel 1976-78 collabora con Alik Cavaliere e nel 1979 con Pierluigi Nicolin per la 16° Triennale di Milano. Dal 1980 al 1984 è assistente di Gae Aulenti per alcuni spettacoli teatrali e per la progettazione del parigino Museé d'Orsay.
Prometeo Incatenato regia Luca Ronconi, scene Margherita Palli
Nel 1984 inzia il suo sodalizion con il regista Luca Ronconi per cui firma le scene di importanti spettacoli, tra i quali si ricordano: Fedra, Teatro Metastasio di Prato, 1984; Le due commedie in commedia, Biennale Teatro di Venezia e Teatro Argentina di Roma, 1984 (Premio "UBU" per le scene); Ignorabimus, Teatro il Fabbricone di Prato, 1986 (Premio "UBU" per le scene); Capriccio, Teatro Comunale di Bologna, 1987; The Merchant of Venice, Teatro Odeon-Comedie Francaise of Paris, 1987; Le Tre Sorelle, Teatro Comunale di Gubbio, 1989; Strano interludio e L’uomo difficile, Teatro Stabile di Torino, 1990; Lodoiska, Teatro alla Scala di Milano, 1991 (Premio "Amici del Loggione del Teatro alla Scala"); Il caso Makropulos e Il giro di vite, Teatro Regio di Torino, 1994-’95; I giganti della Montagna, Festival di Salisburgo, 1994; Quer pasticciaccio brutto de via Merulana, Teatro di Rome, 1996 (Premio "UBU" per le scene); Il lutto si addice ad Elettra e I fratelli Karamazov, Teatro di Roma, 1996-’97; Orfeo, Teatro Goldoni di Firenze, 1998; Cinderella, Festival of Pesaro, 1998 ("Abbiati" award for the best set design of the season and the Premio "Pier Luigi Samaritani" per le migliori scene per l’opera, 1997-’98); Don Giovanni, Festival di Salisburgo, 1999; Sogno, Teatro Studio di Milan, 2000; Ariadne auf Naxos, Teatro alla Scala di Milano; Incoronazione di Poppea, Maggio Musicale di Firenze.
Finale di Partita regia Franco Branciaroli, scene e costumi Margherita Palli
Tra gli altri registi con cui ha lavorato: Mauro Avogadro, Franco Branciaroli, Andrea Barzini, Liliana Cavani e Cesare Lievi.