Nato nel 1960, Jean-Christophe Maillot studia danza e pianoforte al Conservatorio Nazionale Regionale di Tours, sua città natale, e poi frequenta la Scuola Internazionale di Danza Rossella Hightower a Cannes. Continua i suoi studi fino a conseguire, nel 1977, il Prix de Lausanne. Nel 1978 viene contattato da John Neumeier per entrare a far parte del Balletto di Amburgo dove interpreterà, come solista, alcuni ruoli primari delle creazioni del coreografo americano. Un incidente pone fine alla sua carriera di ballerino.
Nel 1983 Jean-Christophe Maillot rientra nella sua città natale e viene nominato coreografo e direttore del Ballet du Grand Théâtre di Tours che diverrà successivamente Centro Coreografico Nazionale. Creerà per questa compagnia una ventina di balletti. Contemporaneamente fonda, nel 1985, il Festival "Le Chorégraphique".
Nel 1986 viene invitato a Monaco dove crea per Les Ballets de Monte-Carlo Les Adieux e nell'aprile 1987, Le Mandarin Merveilleux, che fa epoca. Nello stesso anno è con L'enfant et les sortilèges che si afferma nella compagnia monegasca. Diventa consigliere artistico per la stagione 1992-1993, viene poi nominato nel 1993 da S.A.R. la Principessa di Hannover direttore-coreografo de Les Ballets de Monte-Carlo. Il suo arrivo alla direzione de Les Ballets de Monte-Carlo dà alla compagnia un nuovo impulso e permette ai suoi cinquanta ballerini di raggiungere un alto livello di maturità e di eccellenza.
Crea Bêtes Noires (1993), Home Sweet Home e Dov'è la luna (1994), Ubuhuha, (1995), Vers un Pays Sage (1995), Giulietta e Romeo (1996), Recto Verso (1997), l'Ile (1998), Cenerentola e Caisse-Noisette Circus (1999), Opus 40, Entrelacs (2000), Œil pour Œil e La Belle (2001), Men's Dance (2002), D'une Rive à l'Autre (2003), Noces (2003), Miniatures (2004), Le Songe (2005).
La sua personale ricerca è all'origine di un nuovo linguaggio che gli permette di trattare sia i grandi temi classici che di appropriarsi dell'astrazione. Un approccio artistico ammirato dalla stampa internazionale.
Ostinatamente votato all'evoluzione della sua compagnia, aperto a nuove forme di scrittura, Jean-Christophe Maillot arricchisce il repertorio de Les Ballets de Monte-Carlo invitando ogni anno coreografi affermati ed emergenti, offrendo loro l'opportunità di misurare il lavoro di creazione su una compagnia di punta.
Ricoprendo con ugual slancio sia il ruolo di direttore che di coreografo, Jean-Christophe Maillot fa leva su una rosa di ballerini dalle personalità forti e contrastanti, dotati di grande capacità di adattamento. Questa preoccupazione fondamentale l'ha condotto ad istituire, nel 2000, il Monaco Dance Forum, una vetrina internazionale che si propone di essere per il mondo della danza ciò che il Festival di Cannes rappresenta per il cinema. Creando il "Premio Nijinskij", fiore all'occhiello della manifestazione, Jean-Christophe Maillot rende omaggio ad artisti scarsamente riconosciuti.
Grazie alle numerose tournée internazionali, Jean-Christophe Maillot è diventato uno dei coreografi francesi più rappresentati all'estero: Londra, Parigi, New York, Madrid, Lisbona, Seul, Hong Kong, Il Cairo, San Paolo, Rio de Janeiro, Bruxelles, Tokyo, Città del Messico, Shanghai, Pechino.
Jean-Christophe Maillot è Ufficiale dell'Ordine del Merito Culturale del Principato di Monaco, Cavaliere dell'Ordine delle Arti e delle Lettere, Cavaliere della Legion d'Onore. Il 17 novembre 2005 è stato nominato Cavaliere dell'Ordine di San Carlo da S.A.S. il Principe Alberto di Monaco.