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Nato a Firenze il 1 ottobre 1931. Inizia lo studio del violino con Margherita Castellani ancora prima di compiere i cinque anni di età. Al Conservatorio "Luigi Cherubini" di Firenze studierà l'armonia e il contrappunto con Roberto Lupi e il pianoforte con Luigi Dallapiccola: studi che interromperà a causa della guerra, senza conseguire alcun titolo di studio.
Determinanti, per la sua educazione, il  fratello Renzo e lo zio materno Tono Zancanaro, pittori entrambi e, più tardi, l'incontro con il poeta Aldo Braibanti. Dal 1949 al 1956 approfondisce, da autodidatta, lo studio della composizione. A Parigi, nel periodo che va dal 1956 al 1958, frequenta i corsi privati di Max Deutsch, incontra Pierre Boulez e Heinz-Klaus Metzger, che lo condurrà a Darmstadt, dove conosce John Cage.
Inizia in Germania, nel 1958, l'attività pubblica, con l'esecuzione delle sue musiche da parte del pianista David Tudor, seguita dalla presentazione a Parigi di brani eseguiti da Cathy Berberian sotto la direzione di Pierre Boulez.
L'Universal Edition e, successivamente, gli editori Moeck e Bruzzichelli pubblicano in quegli anni alcune sue partiture. Sarà infine con Casa Ricordi, che nel 1956, Bussotti stringe un importante rapporto editoriale. 
Soggiorna in U.S.A. nel 1964-65, invitato dalla Fondazione Rockfeller a Buffalo e New York, dopo il conferimento di tre premi da parte della SIMC negli anni 1961, 1963 e 1965. Nel 1967 riceve il premio "all'Amelia" della Biennale Di Venezia; nel 1974 il premio "Toscani d'Oggi" e nel 1979 il premio Psacaropulo a Torino. A Berlino, nel 1972, risiede per un anno, ospite delle DAAD per la Fondazione Ford. E' stato direttore artistico del Teatro La Fenice di Venezia e del Festival Pucciniano di Torre del Lago. Ha insegnato storia del teatro musicale all'Accademia di Belle Arti a l'Aquila. Nel 1980 è stato docente di composizione e analisi alla Scuola di Musica di Fiesole, direttore della sezione Musica alla Biennale di Venezia dal 1987 al 1991. 
Fin da ragazzo lavora alla composizione musicale cosi come al disegno e alla pittura; sue mostre d'arte si allestiscono in vari paesi del mondo. Dall'attività concertistica si sviluppa l'esperienza teatrale che lo porta ad occuparsi di  cinema e di televisione. Dal 1965 l'aspetto fondamentale della sua attività è costituito da spettacoli di teatro musicale, sintesi della propria esperienza creativa realizzati nell'ambito del BUSSOTTIOPERABALLET, nome abbreviato in B.O.B. da lui fondato a Genazzano nel 1984 e che allestisce concerti, spettacoli, mostre d'arte e manifestazioni di ampio respiro internazionale.
Sylvano Bussotti è Accademico dell'Accademia Filarmonica Romana, Accademico di S. Cecilia, Cavaliere dell'ordine di Mark Twain, Cavaliere di Micky Mause, Cittadino Onorario della Città di Palermo Commandeur de l'Ordre des Artes e des Lettres dello Stato Francese.