Nasce nel 1962 ad Aberdeen, in Scozia. Fin dall'età di quattro anni frequenta con la sorella lezioni di danza scozzese, entrando successivamente in diverse scuole locali, fino al conseguimento, solamente tredicenne, di un posto presso la Royal Ballet School di Londra. Ottenuto il diploma quattro anni dopo, rifiuta tuttavia la proposta di entrare stabilmente nel corpo di ballo, e ripara nel Ballet Rambert, dove, malgrado la formazione classica, può dedicarsi al suo reale interesse, la danza moderna.
A ventidue anni forma dunque una propria compagnia, le cui performance si avvalgono dei sgargianti e provocatori costumi firmati da Leigh Bowery, uno dei suoi più preziosi collaboratori, o da David Holah della Body Map, con cui Clark divide un appartamento a King's Cross. A partire dalla fine del 1980, egli è costretto ad allontanarsi dalle scene a causa dell'uso eccessivo di alcool e droghe e ritorna a lavorare a pieno ritmo solo nel 1989, dopo l'incontro con il coreografo americano Stephen Petronio: la performance realizzata presso l'Antohony d'Offey Gallery riprende il filo di uno stile provocatorio e fortemente improntato alla sessualità che crea un notevole scandalo nella puritana Inghilterra thatcheriana. Nel 1991 Clark interpreta il ruolo di Caliban ne L'ultima tempesta di Peter Greenaway, mentre nel 1993 porta a termine il lavoro Mmm, prima di ricadere in un lungo periodo di depressione e inattività dovuti alla morte dell'amico e mentore Leigh Bowery, oltre che ad un grave incidente al ginocchio, che lo costringe ad annullare la rappresentazione di Roots II.
Michael Clark Company
Il 1998 segna però una nuova rinascita per Clark: il suo current/see è in tour mondiale per tutto il 2000, e il successo continua con Before and After: The Fall (2001), Oh My Goddess (2003, con un'eclettica colonna sonora comprendente i Sex Pistols, PJ Harvey, Erik Satie e Human League...), Would, Should, Can, Did (2003), tutti realizzati con la compagnia che porta il suo nome. Dopo aver firmato anche un assolo per Mikhail Baryshnikov (Rattle Your Jeweller, 2004), a partire dal 2005 Clark inaugura una collaborazione di tre anni con il Barbican Centre di Londra, per il quale sono in progetto diversi lavori legati a Igor Stravinskij.