Ballerina principale dell'American Ballet Theatre, Gillian Murphy si fa notare nella prima mondiale di Within you without you, a tribute to George Harrison per la coreografia di Natalie Weir e Stanton Welch nell'ottobre 2002.
Nella stagione 2001-2002 del Metropolitan Opera House ottiene enorme successo per l'interpretazione di tre ruoli classici: Lisa nella Fille mal gardée di Frederick Ashton, Odette-Odile nel Lago dei cigni e Kitri in Don Chisciotte. La sua esibizione nel Lago dei cigni, è particolarmente apprezzata dal pubblico e dalla critica.
Gillian Murphy entra a far parte dell'American Ballet Theatre come membro del Corpo di ballo nel '96. Nel '99 diventa ballerina solista e nel 2002 è nominata artista protagonista.
Il suo vasto repertorio spazia da Othello di Lar Lubovitch, Merry Widow di Ronald Hynd, Rodeo di Agnes de Mille, The Elements di Twyla Tharp, Fancy Free di Jerome Robbins, Clear di Stanton Welch, Theme and Variations, Symphony in three movements e Cajkovskij pas de deux di George Balanchine, Etudes di Harald Lander, Les patineurs e Coppelia di Frederick Ashton.
Nella stagione '99 del Ballet Theatre al New York City Center si esibisce in Diversion of angels di Martha Graham, prima rappresentazione assoluta della nota coreografa.
Il suo repertorio comprende inoltre Without words di Nacho Duato e Push comes to shove di Twyla Tharp. Altri ruoli interpretati con il Ballet Theatre sono stati Gulnare in Le Corsaire e Myrtha in Giselle, oltre all'interpretazione della Bayadère nella versione di Natalia Makarova.
Nel luglio 2001 balla con l'Hamburg Ballet in Corsaire pas de deux, appare in Stiefel and Stars durante il Vail International Dance Festival e con il Balletto di Santiago a Santiago del Cile nell'agosto 2001 in occasione del Nijinsky Gala.